Al usar un archivo .csv (guardado con Microsoft Excel) para generar los tokens en Limesurvey, se presentó un problema: los caracteres con acentos desaparecían.
La solución encontrada fue abrir el .csv con Libre Office y guardarlo con la codificación UTF-8, como se explica acá: http://www.csvimproved.com/frequently-asked-questions/916-save-a-csv-file-as-utf-8